香港中文大学（深圳）一期工程项目总用地面积约100公顷，拥有神仙岭水库、北面湖、南面湖等水体及大运文化园等绿化景观资源，分为上园、中园、下园三部分。其中，上园、下园为可建设用地，中园为公共绿地，建设中的启动区将来是下园的一部分。

上园规划主要包括一座本科生书院、两座研究生书院、4栋教职员工宿舍及相关师生活动用房等福利设施共99007平方米；下园规划主要包括行政楼、图书馆、教学楼、实验楼、会堂、室内运动场、学生活动中心及两座本科生书院共202367平米。

针对港中大的传统书院制度办学模式，一期工程在规划设计上给予了充分的尊重和满足。例如，一期工程中的学生宿舍，本科学生是3人间，研究生为2人间。所有宿舍不设置阳台和单独卫生间，而是沿用港中大沙田校区传统，采用公共卫生间、公共洗衣房、公共晒衣区，便于集中管理。另外，为了促进学生交流互动，每座宿舍楼提供休息室、电视/康乐室、厨房、安静阅读与学习室等公共空间，且很多都是开敞式，可以缓解学生在校区内的压抑感。

同时在建设上还将大量应用中国元素，保留山体尊重生态，使校园与环境融为一体也是港中大沙田本部的特色，这一特色将在深圳校区得到延袭。如深圳校区上园和下园之间拥有大面积的山体、绿地与树林。未来，山体和绿地都不会受到破坏，甚至建筑物的选址专门对山体有所退让。上园与下园之间的建筑物非常少，有一定的留白意味。

而为体现中国元素，一期工程的图书馆将采用中国传统建筑中的飞檐设计。学校大门则沿袭港中大沙田本部安放华表的设计。此外，天井、中庭等元素将大规模地采用。未来的香港中文大学深圳校区，整体规划将减少车行路线，建立校园内步道和自行车道，建立校园的生态水系循环系统，实施校园植栽和降温策略。此外会尝试建筑的太阳能开发、雨水收集回用等措施，使其成为一座绿色校园。