根据深圳市远期轨道交通线网规划，南山区未来将有9条地铁线路，涉及轨道有1、2、5、7、9、11、12、13、15号线共9条线路，辖区内轨道线路中总长度约115.6千米。目前，已建成线路有1、2、5号线，在建的线路包括7、9、11号线。

其中，已经建成的地铁1号线起点罗湖站，终点机场东站，途经宝安、南山、福田、罗湖4个区；地铁2号线由南山赤湾至罗湖新秀区，年底东部延长线将开工建设，将地铁2号线延长至莲塘、沙头角、盐田。

地铁5号线由前海湾至黄贝岭，途经罗湖、龙岗、龙华、南山、宝安，且5号线南延段起于前海湾站，经前海、南山，终点至赤湾站，目前地铁5号线南延段工程桂湾站已经动工，计划于2017年上半年完成全部土建工程。

在建的地铁7号线（命名为西丽线）工程起自南山区丽水路，终至罗湖区太安路，站点包括田贝、八卦岭、笋岗、华强北、车公庙、珠光、西丽片区等，将于2016年交付通车。

地铁9号线（又称梅林线）线路起自深圳湾公园站，止于文锦站，联系文锦、红岭、泥岗村、梅林、景田、车公庙、红树林等片区，2016年底通车。同时地铁9号线西延线支线（12号线南油站至海上世界站段）工程第二标段设计已经开始招标，预计2020年将建成通车。

地铁11号线，从福田中心枢纽到竹子林长途车站，然后转向滨海大道的滨海医院，从世界之窗后方经过在建的跨国集团总部基地，到南山前海湾，然后沿宝安大道到深圳机场，再到东莞的长安和广州，这条线从市区到机场只需要15分钟，预计2016年5月通车。

地铁12号线（坪山线），由大运新城南至坪山田头，连接龙岗体育新城、龙岗中心城、坪山中心区（东部新城）等片区。地铁12线计划西延伸段线路由回龙铺站引出，向西沿龙平西路进入东莞境内，连接龙岗中心城区、平湖片区及宝安观澜片区，目前此线正在融资洽谈中。

地铁13号线为快线，由海上田园至横岗塘坑，总长度48.1公里，预留远景南延至盐田的条件。

地铁15号线（石岩线）为局域线，由南山前海路到石岩田心，总长度24.7公里，预留远景西延接5号线的条件。

如此，南山未来有9条城北站仅2公里的香山美墅、无缝接驳地铁1号线高新园站的华润城、无缝接驳地铁2号线湾厦站的恒裕滨城、距离地铁2号线后海站东侧直线约500米华润深圳湾·悦府、无缝接驳紧邻9号线蛇口支线荔香站的中熙·君南山、紧邻地铁9号线西延线临海路站香江·金融中心、紧邻地铁9号线西延线南油站的深圳湾公馆等盘。

香山美墅

华润城二期

恒裕滨城二期

深圳湾·悦府

中熙·君南山

深圳湾公馆

香江金融中心